public class MyCustomException : ApplicationException
    {
        public MyCustomExceptionException(string message)
            : base(message)
        {
        }
    }

Cuando queremos usar nuestro custom exception en la creación de un error controlado lo hariamos de la siguiente forma:

throw new MyCustomException("Mensaje de error customizado");

Podriamos usarlo en el control de errores mediante la captura de errores en global.asax redirigiendolos a una página creada para gestionar los mensajes de error a nuestros usuarios:

protected void Application_Error(Object sender, EventArgs e)
 {
 if (Context != null && Context.IsCustomErrorEnabled)
 {
 Server.Transfer("~/Error.aspx", false);
 }
 }

Una vez redirigo el error podriamos usarlo de la siguiente forma:

  Exception ex = Server.GetLastError();
            if (ex != null)
            {
                Exception innerException = ex.InnerException;
                if (innerException != null)
                {
                    if (innerException is MyCustomException)
                    {
                          HttpContext.Current.Response.StatusCode = 401;
                          this.lblError.Text = ex.Message;
                    }
              }

Espero que os sea útil y como siempre para vuestra comodida tambien en pastebin.